Hoy en día, se sabe poco acerca de la presencia de microorganismos sobre la capa endometrial ya que tradicionalmente la cavidad uterina fue considerada como una cavidad estéril o libre de bacterias. Últimos estudios científicos han cambiado este paradigma y fundamentalmente han demostrado que existe un microbioma uterino único y balanceado (comunidad de microorganismos que habitan la cavidad uterina) que juega un papel vital para el proceso de implantación embrionaria, protección contra patógenos, vías metabólicas y desde luego el mantenimiento de un embarazo. La identificación de especies bacterianas vaginales y uterinas mediante técnicas moleculares de secuenciación genómica, han permitido la detección de familias bacterianas anormales o no balaceadas a las que comúnmente habitan el endometrio de pacientes infértiles y que no refieren síntomas de inflamación endometrial o con ausencia de signos de infección genital demostrando así un perfil microbiano local característico. De esta manera, perfiles bacterianos en el útero de paciente infértiles han mostrado diferencias importantes en comparación a los perfiles bacterianos de pacientes con antecedentes de fertilidad comprobada. Estas diferencias en el microbioma de la cavidad uterina de pacientes infértiles nos ha hecho desviar nuestra mirada a descubrir nuevos factores endometriales que pueden coexistir en pacientes que presentan falla recurrente de tratamientos de fertilización in-vitro. Es por ello, que antecedentes de infecciones vaginales a repetición, citologías con resultado de inflamación persistente, flujos inexplicados y el uso de métodos anticonceptivos como dispositivos intrauterinos pueden ser factores que nos pueden orientar a pensar en la presencia de un microbioma endometrial no balanceado que conlleva a una inmadurez del sistema immune uterino tornándolo inflamatorio y no compatible con la implantación embrionaria y el embarazo.