La diferencia principal, recae únicamente durante el proceso de estimulación ovárica.
La estimulación ovárica en una Fecundación in Vitro convencional se realiza a través de medicación hormonal, consistente en tomar dosis diarias de medicación, para ayudar a la paciente y hacer que sus óvulos maduren lo suficiente para poder realizar la posterior punción y fecundación.
Mientras que la preparación de los óvulos en una Mini Fecundación in Vitro sí la edad y estado de salud fértil de la mujer lo permiten, no se realiza ningún tipo de estimulación ovárica. Y, solo en el caso que el equipo médico lo crea necesario, se realizaría una pequeña estimulación ovárica con dosis de medicación hormonal mucho más suaves y durante un período de tiempo más corto que en la FIV convencional.